À entrada do renovado Museu Pedro Nunes, num trajeto que tem início com uma referência à vida do matemático Pedro Nunes, é possível percorrer posteriormente os vários períodos históricos que caracterizaram a cidade de Alcácer do Sal durante o passar dos tempos.
A exposição propriamente dita tem começo com um painel dedicado ao tema “Beuipo: Um Porto de culturas”, espaço dedicado às origens de Alcácer do Sal, na Idade do Ferro (séc. XII a.C.). Aqui, é feita a inevitável associação com a forte atividade comercial potenciada pelo rio Sado (rio Callipus), sendo um espaço onde se apresentam peças importadas de diversas origens, como da Grécia, do Egito ou da Fenícia. É feita uma referência à necrópole da Idade do Ferro do Olival do Senhor dos Mártires, que deu notoriedade à cidade de Alcácer do Sal desde o século XIX, com a descoberta de vários vasos gregos, uma das maiores coleções existentes em Portugal.
Avançando pela exposição encontramos depois o segundo tema, subordinado a Salacia, importante urb da época romana. É realçada a proximidade ao mar e a riqueza da terra que fizeram de Salacia um dos principais portos da Lusitânia. O Sado, como principal via comercial, associado à rede viária – sobretudo com Mérida – fizeram de Salacia um dos principais entrepostos comerciais do país, com a produção local de lã, cereais, sal, pescado e de ânforas.
O terceiro tema da exposição é dedicado ao período Medieval, com a disputa entre Mouros e Cristãos, espaço onde se retrata a importância de Alcácer do Sal no período islâmico, cidade com o estatuto de cidade portuária desde os finais do séc. IX, após a instalação dos Banu Danis e depois da tomada portuguesa de Qaṣr al-Fatḥ (Alcácer da conquista), em 1217 pelo rei D. Afonso I.
Por último, mas não menos importante, o expositor subordina-se aos Tempos de Paz e aos Novos Rumos. É feita uma abordagem ao período entre o séc. XVI e após a reconquista de 2017, nos quais o rio Sado e a zona ribeirinha de Alcácer se mantêm como elementos-chave da importância económica, política e militar da cidade. É também feita referência à Igreja do Espírito Santo e ao seu Hospital, estando disponíveis no local alguns objetos recolhidos durante a escavação da necrópole cristã.
