Julga-se que o Rafeiro do Alentejo poderá ter a sua origem em Molossos provenientes da região da Ásia Menor. Dada a sua corpulência e valentia foram utilizados por tribos cuja subsistência dependia da pastorícia, desempenhando um papel fundamental neste tipo de comunidade. Com o aparecimento do fenómeno da transumância, o qual levou à deslocação temporária de grandes rebanhos, verificou-se que se encontravam expostos a vários perigos durante as grandes caminhadas. No trajecto que efectuavam no Verão para as montanhas e no Inverno para as planícies, os rebanhos eram sempre acompanhados por cães de grande corpulência, o que terá dado origem à sua disseminação ao longo do percurso de região para região. Deste modo se explica o surgimento deste poderoso cão da planície alentejana, o qual a partir de finais do séc. XIX passou a ser designado por Rafeiro do Alentejo.
